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La metagenómica es un campo de la biología molecular que se centra en el estudio del ADN de las comunidades de microorganismos (microbioma) que se encuentran en muestras de distintos ambientes (aguas, superficies, alimentos, etc…). A través de la extracción, secuenciación y análisis del ADN microbiano de cada una de las muestras, se pueden obtener secuencias del genoma de los distintos microorganismos presentes para su identificación, sin la necesidad de aislarlos y cultivarlos como en los métodos tradicionales. Gracias a esta nueva técnica de análisis se abre un gran abanico de aplicaciones para la mejora en la gestión de los riesgos alimentarios.